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リンカーン日誌

或る量的遺伝学者のテニュア取得までへの道

2017年春学期講義終了

ネブラスカでは春学期が終了していよいよ夏が始まります。2017年の春学期は2つの講義を受け持ちました。

ネブラスカ大学リンカーン校

2017年最初の記事はネブラスカ大学リンカーン校の簡単な紹介です。

2016年度UNLの出来事

2016年度ネブラスカ大学リンカーン校の出来事が大学ニュースとして出たので紹介します。 Leadership, momentum, opportunity: 2016 highlights at Nebraska 2016 year-in-review この中で自分たちの界隈に関係がある話は、1) 第20代学長とし動物遺伝学者が就…

二十代の履歴書

年末なので二十代に関する言葉をまとめてみました。 ぼくは二十歳だった。それがひとの一生でいちばん美しい年齢だなどとだれにも言わせまい。p.8. ポール・ニザン「アデン アラビア ポール・ニザン著作集」 篠田浩一郎訳 晶文社 「独りであること」、「未熟…

2016年度の研究費獲得状況

前回の記事では研究費獲得に関して述べてみたので、今回は2016年度のグラントプロポーザルの総括をしてみたいと思います。2014年の8月にネブラスカ大学リンカーン校に着任して、2015年は論文5本発表と内部グラント1つを獲得しました。2016年の個人的な目標は…

外部資金の獲得

2016年度も夏がそろそろ終わりを告げ、秋学期が始まります。春から夏にかけては大学院の講義とESALQ出張講義を除いて、グラントのプロポーザル執筆に追われていました。米国では大学院生やポスドクをPIが雇う形式になるので、彼・彼女らの授業料・給料・保険…

ESALQ訪問記 - 6~7日目 (5/21-22)

以下はESALQ訪問記の6~7日目になります。講義のウェブページはこちらです。

ESALQ訪問記 - 5日目 (5/20)

以下はESALQ訪問記の5日目になります。講義のウェブページはこちらです。

ESALQ訪問記 - 4日目 (5/19)

以下はESALQ訪問記の4日目になります。講義のウェブページはこちらです。

ESALQ訪問記 - 3日目 (5/18)

以下はESALQ訪問記の3日目になります。講義のウェブページはこちらです。

ESALQ訪問記 - 2日目 (5/17)

以下はESALQ訪問記の2日目になります。講義のウェブページはこちらです。

ESALQ訪問記 - 初日 (5/16)

以下はESALQ訪問記の初日になります。講義のウェブページはこちらです。

ESALQ訪問記 - 移動日 (5/14-15)

今回はネブラスカ大学リンカーン校とサンパウロ大学との提携の一端としてサンパウロ大学にて1週間に渡る集中講義を行いました。動物科学科に所属する2名の動物量的遺伝学者と2名の動物栄養学者が代表として派遣され、僕は量的遺伝学の教員の一員として講義を…

初めての大学院講義

2016年初めての投稿になります。ようやく2016年春学期が終了しました。今学期は初めて講師として講義を担当していました。大学院時代にティーチング・アシスタントの経験はありますが、1学期を通じて講師として講義を受け持ったことは初めての経験です。ブロ…

プレプリント:ニワトリにおけるMeSH解析

ニワトリにおけるMeSH解析の論文をプレプリントサーバであるbioRxivに投稿しました。

2015年11月 日本滞在記

2015年の11月は第29回国際哺乳類ゲノム学会参加のために帰国しました。また東京大学と農業生物資源研究所にて自分の研究を紹介する機会を与えて頂きました。

コールド・スプリング・ハーバー研究所での学会参加記

先月はコールド・スプリング・ハーバー研究所にて開催されたProbabilistic Modeling in Genomicsに参加してきました。コールド・スプリング・ハーバー研究所が開催している数ある学会の中では比較的異色で、確率や統計学を全面に押し出して分子生物学に取り…

GO-FAANG参加記

10月の上旬にワシントンD.C.で2日間に渡って開催されたGO-FAANGに参加してきました。FAANGプロジェクトはパイロット・プロジェクト段階ではAgENCODEなどと呼ばれていたようにENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) の産業動物版です。同様にENCODEに触発さ…

産業動物におけるMeSHエンリッチメント解析

今回は半年近く前に出した論文の紹介です。実は一度過去に近況報告として簡単な箇条書きにて触れていますが、僕たちは年始にMeSHエンリッチメント解析を行うBioconductorパッケージを発表しています。MeSHとはMedical Subject Headingsの略でアメリカ国立医…

統計遺伝学の緑本

先日Springerから"Methods in Molecular Biology"のシリーズとして発売されている"Genome-Wide Association Studies and Genomic Prediction"を読み終えました。

最も多く読んだジャーナルのリスト - 2012年度・2013年度・2014年度

こちらとこちらの記事に触発されて自分が過去に論文を多く読んだジャーナル(論文誌)名を年度毎にまとめてみました。残念ながら修士課程時代の記録はないのですが、博士課程に入学した2012年度からは読んだ論文を記録として残してあります。下記に上位10誌…

JAM2015参加記

フロリダ州のリゾート地オーランドにて7月12日から16日まで開催された2015 ADSA-ASAS Joint Annual Meetingの参加記です。大学院時代は機会がなかったので、僕に取っては初参加になりました。JAM開催の前週にはInterbullも開かれましたが、そちらには参加し…

清水信義教授の本

今夏の一時帰国最中に読んだ本の紹介です。最近目にしたこの記事に触発されて本書「日本のトップランナー清水信義が説くヒト「ゲノム」計画の虚と実」を手に取ってみました。ヒトゲノム計画にて、日本を代表する一員として22番および21番染色体の解読に貢献…

2015年夏の日本滞在記

2015年は3年ぶりになる夏に一時帰国しました。

シカゴ - マディソン旅行記

シカゴにある大使館に用事があったので休暇を申請してシカゴ-マディソンを訪れました。ちょうど春学期が終了したところなので気分転換も兼ねてます。

2015年春学期終盤

前回の投稿からだいぶ空いてしまいましたが近況報告です。

最良線形不偏予測量 (BLUP) と混合モデル方程式 (MME) に関する歴史的資料

最良線形不偏予測量 (BLUP) は混合モデル方程式 (MME) の形式で動物遺伝育種学者であるC. R. Hendersonによって開発されたことは広く知られている事実だと思います。現在では育種価の予測という従来の範囲を超えてゲノムワイド相関解析や集団の構造化、さら…

2015年春学期開始

春学期が開始して約1ヶ月が経過したので軽く振り返ろうと思います。

アラバマ大学バーミングハム校滞在記

先日は月曜日から水曜日までアラバマ大学バーミングハム校の生物統計学科内に存在する統計遺伝学グループを訪れていました。この辺りに足を運ぶのは去年訪れたテネシー州以来になります。ちょうどリンカーンでは吹雪のために月曜日は大学が休校になった時で…

2014-15年度年末年始日本滞在記総集編とH-1Bビザ申請顛末記

2014-15年度年末年始は6年前の渡米後以来、初めて約1ヶ月間という長期間に渡って日本に滞在しました。思い起こせば2013年の夏からインターン->就職活動->博士ディフェンス->引っ越し->大学教員と息つく暇もない出来事が目白押しでしたので、よい気分転換にな…

2014-15年度年末年始日本滞在記 - 第4週篇

2014年度年末年始日本滞在記 - 第4週篇です。

2014-15年度年末年始日本滞在記 - 第3週篇

2014年度年末年始日本滞在記 - 第3週篇です。

2014年度年末年始日本滞在記 - 第2週篇

2014年度年末年始日本滞在記 - 第2週篇です。

2014年度年末年始日本滞在記 - 第1週篇

2014年度年末年始日本滞在記 - 第1週篇です。

2014年韓国滞在記

2014年韓国滞在記です。

2014年学期末

前回と同じく簡潔な報告です。 11月の研究室月報を執筆しました。 年内2つ目のポスドク募集案内です。現在、統計学科・動物科学科@ネブラスカ大学リンカーン校では、統計ゲノム学・バイオインフォマティクスの分野にてポスドクを募集しています。僕自身はCo-…

2014年感謝祭

今週は感謝祭の週に相当するので、ようやく少し一息つけそうです。11月の近況報告です。 10月の研究室月報を執筆しました。 動物科学科@ネブラスカ大学リンカーン校では、量的遺伝学の分野にて現在ポスドクを募集しています。正式な英語のページはこちらにな…

2014年秋

過去2ヶ月程の近況をお知らせします。 カーネル法による全ゲノムを用いた表現型値予測の総説論文を発表しました。ネブラスカ大学リンカーン校着任後最初の論文になります。 大学院生募集の告知メールを英語メーリングリストであるAGDG-LISTとAnGenMapに流し…

2014 NCERA-225参加記

先週はモンタナ州ボーズマンで開催されたNCERA-225のミィーティングに参加しました。NCERA-225は毎年肉牛遺伝評価について議論する場であり、Station Reportsと称して各大学や機関が過去1年に行った研究・教育・アウトリーチ活動について報告します。僕は肉…

2014年日本一時帰国 - 年末年始

2014年から2015年に渡る年末年始は、労働ビザスタンプ申請のために一時帰国します。期間は12月中旬から1月中旬を予定しています。実現すれば約2年ぶりの帰国になります。北は北海道、南は沖縄まで足を延ばして旧友との再会やまだ面識がない人と直接会えるこ…

研究室の月報

先月から自分の研究室の出来事を簡潔に記した月報を発表しています。この月報は自分が引退するまで毎月継続していくつもりです。8月号はこちらからどうぞ。 バンクーバーから戻って来た後の話ですが、この3週間で論文の査読依頼が5本も舞い込んだり、まだ自…

WCGALP 2014

参加記 先週は4年に一度開催される学会であるWorld Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP) に参加するためカナダはバンクーバーを訪れました。僕たちの分野である動物遺伝系の学会では最大規模を誇ります。第10回目になる今回は参…

米アカデミアの就職面接

アメリカのアカデミアにてPIとして独立するには、まず面接 (job interview) を勝ち上がらないといけません。 公募への応募過程は去年書いたこちらの記事(その1、その2)をご覧ください。上記で述べた書類選考を突破すると2〜3日間に及ぶ面接に呼ばれること…

研究室発足

先週の8月1日は正式な着任日でした。記念すべきその日は金曜日だったので何事もなく平穏に過ぎました。ちなみに夏の金曜日は教授陣も3分の2程しか出勤しないし、姿を現した人は大抵15時前には帰ってしまいます。何はともあれ、テニュア・クロックの針が進み…

19th Summer Institute in Statistical Genetics

先週は19th Summer Institute in Statistical Geneticsに参加するためシアトルに滞在していました。7/21(月)から7/25(金)の間に受講したのは量的遺伝学の2講義です。 Module 19: Statistical & Quantitative Genetics of Disease. 講師: John Witte (JW)…

ネブラスカ州での車両登録

他州からネブラスカへ引っ越してくる際に避けては通れない自動車関係の事柄をまとめてみました。ネブラスカ州では引越し後から30日以内に届け出ることが義務付けられています。リンカーン(ランカスター郡)の場合は、市内中心部に位置する自動車管理局 (DMV…

動物遺伝系大学院留学記でアクセス数の多かった記事

こちらの新ブログに移行してからもうすぐ2ヶ月になります。今回は旧ブログである動物遺伝系大学院留学記でアクセス数の多かった上位15の記事を羅列してみました。ただこの手のランキングは論文の引用数と同じで、比較的最近発表した記事は不利になるのでこの…

UC Davis Bioinformatics Training Program: 6日目

この記事はUC Davis Bioinformatics Training Programに参加してきたの6日目の参加記になります。

UC Davis Bioinformatics Training Program: 5日目

この記事はUC Davis Bioinformatics Training Programに参加してきたの5日目の参加記になります。

UC Davis Bioinformatics Training Program: 4日目

この記事はUC Davis Bioinformatics Training Programに参加してきたの4日目の参加記になります。