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リンカーン日誌

或る量的遺伝学者のテニュア取得までへの道

UC Davis Bioinformatics Training Programに参加してきた

先週はUC Davis Bioinformatics Training Programへの参加のためにカリフォルニア大学デイビス校を1週間訪れていました。この大学の起源はカリフォルニア大学バークレー校の農学専門学校としてまで遡り、その後1959年にカルフォルニア大学デイビス校として独立しています。動植物の遺伝・ゲノム研究ではとても有名な大学です。またその名は基礎科学を超えて獣医学は世界一とも言われています。

ゲノムセンターの一部であるBioinformatics Coreは、毎年バイオインフォマティクスに関連するworkshopsを開催しています。自分が今回参加したのはGalaxyを介してデータ解析してみようという主旨のworkshopです。注目する点はPennsylvania State Universityにある本家のGalaxyやミラーサイトを使用するのではなくて、Bioinformatics Coreが作成したGalaxy AMIAmazon AWS上で走らせます。講師はBioinformatics Coreに所属するスタッフです。

本当は同じくBioinformatics Coreが今年の9月に開講予定であるコマンドライン使用のworkshopを受講したかったのですが、8月には新たな仕事が始まっているので無理でした。学生でもなく職があるわけでもない宙ぶらりんの今が融通がききます。個人的な目的はツールの使用方法というよりは、現代のシークエンサーが生成した自分たちの分野ではまだそれほど見慣れないデータの一般的な扱いに興味があったので、Galaxyでもコマンドラインでも特に問題ありませんでした。

参加者の所属は大学、政府系の研究所、企業まで多岐にわたりました。どちらかというと西海岸の大学が多かったです。 講義資料はすべてオンライン上にて配布されているので興味がある方はぜひ一読してみるといいと思います。今週はデイビス滞在記を毎日1日つづ更新していきます。