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リンカーン日誌

或る量的遺伝学者のテニュア取得までへの道

UC Davis Bioinformatics Training Program: 5日目

この記事はUC Davis Bioinformatics Training Programに参加してきたの5日目の参加記になります。

本日の講義資料はこちらからダウンロードできる。

6/20(金)6時起床。8:30発。8:45着。今日は最終日。

  • 午前中は昨日の実習課題の続き。BWAを用いてトランスクリプトアセンブリ
  • 他の受講者は今回習ったことを持参した自分のデータに応用して解析している
  • 例えば自分の右隣の人は癌ゲノムのデータを早速Galaxyで解析中
  • アダプター配列をどうやって入手するかについてみんな質問している。どのようにシークエンシングされたかによるそうだ
  • 昼食は昨日と同じSegundo Dining Commonsでブッフェ
  • 自分と同じ大学を同じ時期に卒業して、現在デイビスポスドクをしている友人と会う。お互いの近況報告
  • 午後はゲノムセンターまで足を運ぶ。建物はキャンパスの南西に位置する
  • David Segal研に所属するHenriette O'Geen氏によるLibrary preparation(ライブラリ調整)についての講義
  • イルミナのTruSeq、Kapa、Nexteraといったlibrary prep kitsについて
  • barcoded adaptorsさらにはindexed adaptorsとは何か
  • strand specific RNA-Seqをおすすめしている
  • 自分が一番勉強しなくてはならないのはこのライブラリ調整だと気づく。ここをきちんと理解しないとバイオインフォマティクスの解析も本当の意味では理解できないのかな
  • 続いてA氏(名前は失念)によるOxford Nanopore MinIONシーケンサーについて
  • ゲノムセンターはOxford NanoporeのMinIONベータテストプログラムに参加しているそうだ。そのため無料でシーケンシングできるらしい
  • 残念ながらOxford Nanoporeとの契約によりDavisでのシーケンシング結果についてはまだ公表できないが、原理を説明してくれた
  • 満足できる程度の結果はまだデイビスでは得られていないそうだ
  • 実物を持ってきてくれて触らせてくれた!

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  • イギリスのNick Lomanという人も積極的にこのMinIONについて情報発信をしているそうだ
  • 最後はBioinformatics Coreと同じくCore facilitiesの一角を担うDNA Technologies Coreのマネージャがゲノムセンターのツアーを提供してくれる
  • なんでもイルミナに関してはHiSeqが1台、MiSeqは3台ある。MiSeqはもう1台が年内に搬入されるらしい
  • イルミナ以外ではPacBio RSが別室に1台ある。こちらがその写真

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  • HiSeq、MiSeq、PacBioで使用するflow cellを見せてくれた
  • この後はScience Laboratory Buildingのコンピュータ室に戻って少し作業
  • 最終日になってしまったけどワシントン州のUSDA ARS所属の植物病理学者と知り合う。建物はワシントン州立大学内のキャンパスにあるそうだ
  • ワシントン州立大学はプルマンにある。動物遺伝学者も数名いる
  • 17時に解散。知り合った参加者ともお別れ。さよなら。分野が違いすぎるので今後は会うことはまずないだろう。一期一会
  • 講師のみなさん、ありがとうございました
  • 量的遺伝学のような応用遺伝学にいると分子生物学バイオインフォマティクスまで勉強しなくてはいけないので大変だ