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リンカーン日誌

或る量的遺伝学者のテニュア取得までへの道

2015年11月 日本滞在記

2015年の11月は第29回国際哺乳類ゲノム学会参加のために帰国しました。また東京大学農業生物資源研究所にて自分の研究を紹介する機会を与えて頂きました。

11/5(木)の夕方に日本に到着して、翌日の11/6(金)は東京大学農学生命科学研究科生物測定学研究室にお邪魔しました。東大農学部(弥生キャンパス)は初訪問です。

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建物はとても古く歴史を感じさせるものでした。こちらが生物測定学研究室を抱える農学部1号館です。

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自分のセミナーは15時から始まりました。続いて生物測定学研究室の修士課程学生や特任研究員の方々の研究発表を聞かせていただきました。その後はお寿司をご馳走になりながらみなさんと楽しくお話しました。同じ日本人としてこの分野で世界と勝負している方々とお会いできてとても光栄でした。

11月8日から11日までは横浜市開港記念会館で開催された第29回国際哺乳類ゲノム学会に参加しました。初日は理研の横浜事業所に移動してのBioinformatics Workshopです。こちらがWorkshopが行われた会場です。

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Workshopの内容はGENCODEとIMPCを中心としたマウスゲノムに関するものでした。夜はFisherman's Market 横浜赤レンガ倉庫に移動してのWelcome Receptionです。IMGC2015を主にホストしているCenter for Life Science Technologies (CLST) はDivision of Structural and Synthetic Biology (DSSB、横浜キャンパス)、Division of Genomic Technologies (DGT、横浜キャンパス)、Division of Bio-Function Dynamics Imaging (DBDI、神戸・和光キャンパス)により構成されています。ブフェの最中は主にDGTでFANTOMプロジェクトに関与している(していた)人たちと交流しました。

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翌日の月曜日は体調不良により午前中は内科受診後ホテルにて養生。火曜日は何とか体調が回復したので14時から学会に参加しました。

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ポスターはCAGE関連を中心に見て回りました。CAGEはRNA-seqと比べて1サンプル当たり多く費用がかかり、必要なmRNAの量も多いようです。

  • 一細胞用のC1-CAGE
  • NanoCAGEは必要なmRNAがCAGEより少なくてすむがPCRによる増幅が必要。TSSの探索ならおそらく問題ないけど発現量の定量にはおすすめしない
  • TSS -> PromotersはDPI clustering methodがよく用いられる。FANTOM4ではTSSから上流500bp下流200bpを、FANTOM5では上流下流500bpを便宜的にプロモーターで呼んでいるとポスター発表で説明してくれた人もいた

19:30からはFANTOM workshopに参加しました。

  • CAGEはTSSからpromoterだけではなくeRNA (enhancer RNA)を見つけることも可能。詳細はこちら
  • SSTARはFANTOM5のメタデータを提供
  • CAGEだけでなくRNA-seq、ChiP-seq等にも対応しているブラウザZENBU
  • DBCLSが提供しているRefEx

最終日は体調を鑑みて11時から参加。理研DGT所属の研究者と昼食を一緒に食べました。この国際哺乳類ゲノム学会ですが、ヒトの細胞でも比較的容易に遺伝子破壊が可能な現在、今後のマウスの位置付けは?ヒトも全面に押していくのか?また野生動物や産業動物をどれたけ取り入れていくのか?哺乳類ゲノムといっても多岐にわたるので舵取りが大変な印象です。

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木曜日はつくばまで移動します。つくばエクスプレス乗車前にまずは秋葉原で腹ごしらえ。

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農業生物資源研究所の家畜ゲノムユニット・動物生体防御ユニットにお邪魔して15:30からセミナーをさせて頂きました。

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驚いたことは家畜ゲノムユニットは実は生物研ではなく畜産草地研究所の建物内にあることでしょうか。来年度には生物研と農研機構は統合するそうです。セミナー後はお茶を飲みながら情報交換の場を設けて頂きました。写真は畜草研の正面玄関ロビー。

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翌日の金曜日は新宿で眼科受診後、実家へ帰省して内科の受診。ゆっくりと過ごす。土曜日は蕎麦倶楽部 佐々木でもりそば大盛りを食して、珈琲 まるもで一服しました。

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続いて13:02発のスーパーあずさで日暮里へ向かい京成スカイライナーに乗車します。UA138便にて米国へ戻りました。体調が悪い中でも何とか全日程をこなせました。